Entre septembre 2008 et juin 2009, WildStorm Comics a publié une série de sept numéros.
Les trois premiers numéros de cette série (n° 0 à 2) ont été écrits par Frank Spotnitz. Il a trouvé l’écriture de ces comics intéressante car, après avoir récemment retrouvé Mulder et Scully pour le second film, il devait cette fois revisiter les personnages « à leur apogée au sein du FBI ». « Il m’a fallu un peu de temps pour retrouver l’ambiance de X-Files de cette époque », a-t-il admis, « mais c’est ensuite devenu très amusant. » Spotnitz a collaboré à la série avec l’éditeur Shannon Eric Denton. « Voir arriver les magnifiques dessins de Brian Denham, puis la mise en couleurs et le lettrage… », a poursuivi Spotnitz. « C’était très gratifiant et vraiment plaisant, si ce n’est que la finalisation du film a empiété sur le temps dont je disposais pour terminer ce projet […] Et ce qui est passionnant dans le fait de situer l’action dans le passé — grosso modo entre les saisons 2 et 5 de la série —, c’est que cela nous permet d’utiliser de nombreux personnages marquants de cette époque, comme Walter Skinner, l’Homme à la cigarette, X, les Lone Gunmen, et bien d’autres encore. » (entretien extrait du numéro 0 de X-Files)