Six semaines après sa rencontre avec Tad O'Malley, Scully remarque la disparition de Mulder et le retour en ligne de l'émission complotiste. Scully en informe Skinner et Einstein avant de retrouver O'Malley, qui recherche aussi Mulder et affirme avoir des preuves de l'insémination d'ADN extra-terrestre dans le génome de chaque citoyen américain en vue de déclencher une pandémie par le virus Spartiate et tuer une grande partie de la population. Scully et Einstein voient peu à peu les malades affluer, mais Einstein refuse de croire à l'ampleur d'un tel complot. Scully découvre par l'ex-agent Monica Reyes que la pandémie est réelle et a été déclenchée par l'Homme à la Cigarette, qui a survécu au bombardement au Nouveau-Mexique et possède le moyen de se protéger du virus Spartiate. Reyes a accepté le vaccin et tenté d'empêcher la pandémie de l’intérieur du Syndicat, en vain. Scully et Einstein commencent donc à développer un vaccin à partir de l'anomalie génétique que Scully a découvert dans son ADN. Miller retrouve Mulder alors que celui-ci confrontait l'Homme à la Cigarette et refusait son offre de rejoindre les rangs des survivants à la pandémie. Scully injecte le vaccin à Einstein mais quand elle trouve Mulder, il est trop affaibli et un don de cellules souches est nécessaire, or seul William, leur fils, serait un donneur potentiel. Alors que Mulder s'effondre, un OVNI apparait dans le ciel au-dessus des agents.